No ano de 2009 os empregados e centros de pesquisa da Embrapa receberam 50 prêmios de expressão sendo três internacionais, 13 nacionais, 22 científicos e 12 regionais. A Comissão Européia premiou quatro projetos de pesquisa da Embrapa no Sétimo Programa Quadro de Pesquisa e Desenvolvimento (FP7). A Crop Science Society of America concedeu a medalha "Frank N. Meyer" ao pesquisador José Francisco Montenegro Valls, da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, pela qualidade internacional de suas contribuições na área de recursos genéticos vegetais. O International Plant Nutrition Institute outorgou o Prêmio IPNI Brasil em Nutrição de Plantas ao pesquisador Segundo Sacramento Urquiaga Caballero, da Embrapa Agrobiologia, por suas contribuições para o manejo responsável das plantas.
No plano nacional, vários centros de pesquisa da Embrapa conquistaram prêmios da Financiadora de Estudos e Projetos (Finep), considerados o "Oscar da Tecnologia Nacional". A Embrapa Clima Temperado ganhou o Prêmio Finep de Inovação 2009 - Nacional, na categoria Tecnologia Social com o projeto Quintais Orgânicos de Frutas. A Embrapa Amazônia Ocidental obteve o Prêmio Finep de Inovação 2009 - Região Norte, na categoria Instituições de Ciência e Tecnologia, a Embrapa Caprinos e Ovinos recebeu o Prêmio Finep de Inovação 2009 - Região Nordeste, também na categoria Instituições de Ciência e Tecnologia. A Embrapa Acre foi a terceira colocada no Prêmio Finep de Inovação 2009 - Região Norte na categoria Instituições de Ciência e Tecnologia.
O Programa de Apoio ao Desenvolvimento de novas Empresas de Base Tecnológica Agropecuária e à Transferência de Tecnologia (Proeta), a Incubadora da Embrapa, foi premiado no 13º Concurso Inovação na Gestão Pública Federal promovido pela Escola Nacional de Administração Pública (ENAP) e o Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão. A Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF) premiou os pesquisadores Maria Carolina Blassioli de Moraes e Raul Laumann, da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, por suas contribuições nas áreas de "Ciências exatas e da terra" e "Ciências do cerrado, meio ambientes e agrárias". Já o empresário Haroldo César de Oliveira, diretor da Blazei-Brazil, que nasceu da parceria entre a Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia e o Centro Universitário de Brasília (UniCEUB), conquistou o prêmio "Empresário Inovador 2009", pela "Farinha do Imperador", desenvolvida a partir do cogumelo rei (Ganoderma lucidum), ser uma das iguarias prediletas do imperador da China. O pesquisador Osmar Alves Lameira, da Embrapa Amazônia Oriental, recebeu o Prêmio Fundação Banco do Brasil de Tecnologia Social 2009 com o projeto Plantas Medicinais: Alternativa de Inclusão Social. O projeto Balde Cheio, da Embrapa Pecuária Sudeste foi também um dos finalistas deste prêmio da FBB em 2009.
O projeto Xisto Agrícola, parceria da Petrobrás com a Embrapa Clima Temperado, recebeu o Prêmio Petrobras Inventor 2009. O pesquisador da Embrapa Cerrados Luciano Shozo Shiratsuchi recebeu do Departamento de Agronomia e Horticultura da Universidade de Nebraska o prêmio "2009 Outstanding Graduate Student Award" por seu desempenho acadêmico e pela qualidade do trabalho da tese de doutorado que está desenvolvendo. A Embrapa Suínos e Aves, recebeu o Prêmio Fritz Müller 2009, da Fundação Catarinense do Meio Ambiente (FATMA) na categoria Instituto de Pesquisa pelas pesquisas que desenvolve na área ambiental. A pesquisadora Lenita Jacob Oliveira, da Embrapa Soja, recebeu como homenagem póstuma o Troféu Mulheres de Ciência "Glaci Zancan" 2009. A pesquisadora Clarissa Silveira Luiz Vaz da Embrapa Suínos e Aves, área de sanidade animal, foi agraciada com o Prêmio Professor José Maria Lamas da Silva da Fundação Apinco de Ciência e Tecnologia Avícola (FACTA), o mais tradicional prêmio de pesquisa científica da avicultura brasileira.
Por fim, a pesquisadora Noemi Vianna Martins Leão, da Embrapa Amazônia Oriental, recebeu da Prefeitura Municipal de Belém, a Medalha do Mérito Ambiental Marina Silva pela elaboração do Plano Arborizador de Áreas Verdes (PDAVE) que pretende revitalizar as áreas verdes da Cidade das Mangueiras e planejar novas áreas arborizadas.
